Vanwege de inname van voornamelijk vloeibare organische reststromen met een laag droge stofgehalte, beschikt EcoFuels over een uitgebreide waterzuivering. Het zuiveringsproces ziet er als volgt uit: met een centrifuge wordt het anaerobe slib (slib/water mengsel dat uit de vergister komt) gescheiden in een vaste en een vloeibare fractie. Een deel van de vaste fractie gaat terug in de vergister, de rest kan verwerkt worden tot een bodemverbeteraar. De vloeibare fractie krijgt een vervolgbehandeling. Daarna wordt aerobe vaste materiaal gescheiden van het water met behulp van een membraan bioreactor (MBR). Het vastere product kan (evt samen met de eerder gewonnen vaste fractie van het digestaat) weer als meststof worden ingezet.
